Appleさんが勝手にOSX Sequoiaにアップグレードしてくれた余波で、あれこれ再設定・再インストールする中、どうしても動作してくれなかったKarabinerがようやく動作。
原因は、ユーザデータを置いている外付けディスクで、所有者情報がオンになっていなかったこと。
いろいろ調べてみたが、日本語の情報はほとんど見られず、英語の情報を調べてみると、まず見つけたのが、SIPをオフにするという情報。これはOSX El Capitan以降で導入された、システムのコアを保護する機構らしい。
これをオフにするにはSafeモードに落ちる必要があり、いちいち再起動。オフにしてみたが、まだKarabinerのログを見るとエラーが出ている。
で、そのエラーのキーワードで調べてみたら、なんと、本家のサイトのナレッジベースに出てた（https://karabiner-elements.pqrs.org/docs/help/troubleshooting/json-owner-is-invalid/）。
これに従って外付けディスクのOwershipを再設定したら、あっさり解決。いったんオフにしたSIPも元に戻してみたが、影響なく正常動作。
近頃のぺったんこキーボードではものが打てない身としては、Karabiner-ElementsでMajestouch Convertible 2をMacのキーアサインにして使えないと困ってしまう。